Ruduo yra lemiamas Varroa destructor erkių kontrolės laikotarpis, nes vasaros pabaigoje ir rudens pradžioje auginama fiziologiškai ypatinga žiemojančių bičių karta, turinti išlaikyti šeimą gyvybingą iki pavasario. Šių bičių ilgaamžiškumą lemia gerai išsivystęs riebalinis kūnas ir sukauptos vitelogenino atsargos. Erkės ir jų platinamas deformuotų sparnų virusas (DWV) šias atsargas mažina, todėl stipriai pažeistos žiemojančios bitės būna trumpaamžės ir silpnesnio imuniteto. Dėl to šeima rudenį arba žiemą gali nusilpti ir žūti net turėdama pakankamai maisto atsargų.
Pagrindinis rudeninis gydymas nuo varozės atliekamas iš karto po paskutinio medaus išsukimo, kol šeimoje dar auginami perai ir tik pradeda formuotis žiemojančių bičių karta. Uždelsus vos kelias savaites, dalis būsimų žiemojančių bičių jau gali būti pažeistos lėliukės stadijoje, o vėliau sunaikinus erkes šios žalos atitaisyti nebeįmanoma. Todėl tinkamai pasirinktas gydymo laikas yra ne mažiau svarbus už naudojamą preparatą.
Šiltuoju rudens laikotarpiu, kai šeimoje dar yra užakiuotų perų, gali būti naudojami registruoti preparatai, kurių sudėtyje yra oksalo, timolo arba skruzdžių rūgšties. Preparatas parenkamas atsižvelgiant į oro temperatūrą, perų kiekį ir konkretaus produkto naudojimo instrukciją. Timolio preparatams reikia pakankamai šilto oro, o skruzdžių rūgšties veiksmingumas ir saugumas ypač priklauso nuo temperatūros. Esant per žemai temperatūrai jos poveikis gali būti nepakankamas, o per karštą orą padidėja perų ir motinos pažeidimo rizika. Prieš pradedant gydymą būtina įvertinti ne tik tos dienos, bet ir viso preparato veikimo laikotarpio orų prognozę.
Baigiamasis rudeninės kontrolės etapas – šeimos apdorojimas oksalo rūgšties preparatu vėlyvą rudenį, kai joje nebelieka perų. Oksalo rūgštis gali būti naudojama lašinimo arba sublimavimo būdu, tačiau visais atvejais būtina laikytis konkretaus registruoto preparato instrukcijos. Kai šeimoje nėra užakiuotų perų, beveik visos erkės būna ant suaugusių bičių ir yra pasiekiamos veikliajai medžiagai, todėl tinkamai atliktas apdorojimas būna itin veiksmingas. Jei šeimoje tebėra perų, oksalo rūgštis nepasiekia po akelių dangteliais esančių erkių, todėl jos veiksmingumas gerokai sumažėja.
Po gydymo jo veiksmingumas vertinamas stebint erkių kritimą ant kontrolinio avilio dugno įdėklo ir, jei oro sąlygos leidžia, pakartotinai nustatant ant bičių likusį erkėtumą. Gausus erkių kritimas iš karto po apdorojimo rodo preparato poveikį, tačiau savaime nepatvirtina, kad šeimoje jų nebeliko. Papildomą apdorojimą galima atlikti tik tada, kai tai leidžia pasirinkto preparato naudojimo instrukcija. Ypač atsargiai reikia vertinti pakartotinį oksalo rūgšties lašinimą, nes jis gali pakenkti bitėms.
Taip pat būtina atsižvelgti į pakartotinio užsikrėtimo, arba reinvazijos, riziką. Silpstant ar žūstant aplinkinėms bičių šeimoms, plėšikaujančios ir svetimuose aviliuose apsilankančios bitės gali parsinešti erkių į savo šeimą. Dėl šios priežasties rudenį erkėtumas kartais staiga padidėja net anksčiau veiksmingai apdorotoje šeimoje.
Rudeninės varozės kontrolės tikslas – paruošti žiemoti šeimą, kurios erkėtumas būtų kuo mažesnis. Laiku atliktas pagrindinis gydymas, jo veiksmingumo patikrinimas ir baigiamasis apdorojimas laikotarpiu be perų yra viena svarbiausių sėkmingo žiemojimo ir spartaus šeimos vystymosi pavasarį sąlygų.